作為我國醫藥制造業的核心區域之一，近年來，長三角地區充分利用區域醫藥生產門類齊全的優勢，打造集研發、生產、銷售及信息服務為一體的產業鏈，形成一批自主創新能力較強、具備一定國際競爭力的醫藥產業密集區。目前，長三角地區已經形成了較為完整的醫藥產業鏈，在研發與產業化、外包服務、國際交流等方面具有較大優勢，規模效應和產業競爭力在全國名列前茅。國家統計局數據顯示，2014年，長三角地區醫藥制造企業達1,308家，占全國的比重為19.2%；實現主營業務收入4,781.0億元，占全國的比重為20.5%；實現利潤總額632.8億元，占全國的比重為22.9%。

與此同時，長三角地區醫藥企業根據其所處的不同價值鏈環節，在空間分布上已經開始出現專業化分工的特征：上海市專注于以專利藥為目標或需要最新技術的藥物研發和生產領域，江蘇省和浙江省則更注重常規醫藥產品的生產。

上海市具有得天獨厚的研發優勢。首先，上海市科研基礎比較雄厚，擁有長三角數量最多、水平最高的醫藥科研機構，為醫藥研發提供了強大的技術支持；其次，上海市擁有豐富的醫院資源，成立了大量針對國內外醫藥企業進行藥物臨床研究CRO（合同研究組織）企業；再次，各類研究所和醫藥高校的聚集為上海市培養大批專業人才，并通過其獨特的區位優勢吸引其他地區的專業人才；第四，上海市通過設立醫藥投資基金和專業投資公司，建立面向國內外的融資平臺，并建設與之相對應的工程技術中心、GMP中試基地、GCP臨床試驗基地，解決產業化過程中所遇到的技術和資金的瓶頸；最后，輝瑞、強生、葛蘭素史克、阿斯利康、禮來、羅氏等世界500強制藥企業將研發中心設于上海市，進一步增強其研發實力。

江蘇省和浙江省產業基礎雄厚。江蘇省和浙江省是我國醫藥制造業產值較高的省份，醫藥骨干企業實力較強，有30余家企業進入全國制藥工業百強行列。相對于上海市，這兩個省份在研發水平和人才資源上并不占優勢，位于這兩省的醫藥企業主要是應用已經成熟的技術進行大規模的生產活動，以高產量和市場占有率來獲取利潤。浙江省以化學藥品原藥制造為主營，臺州、東港、溫嶺等地是全國化學藥品原藥的生產基地，為長三角及全國化學藥品制劑提供原料基礎。作為醫藥制造傳統大省和醫療器械領軍區域，江蘇省主要生產基地分布在蘇州、常州及連云港，拳頭產品包括心臟支架、骨科器材以及體外檢查設備等。此外，由于毗鄰上海，江蘇、浙江兩省可接受到具備創新能力、經驗豐富、技術一流的復合型人才，在一定程度上彌補兩省在人才資源方面的欠缺。

浙江省醫藥制造業在全國有舉足輕重的地位，是我國最重要的化學藥品原藥和醫藥中間體生產基地之一。     

根據《長江三角洲地區區域規劃》，今后，長三角地區將建成上海生物及新型醫藥研發與生產中心，加快建設上海、泰州、杭州國家生物產業基地，進一步做強無錫“太湖藥谷”等品牌，建設南京、蘇州、連云港、杭州、湖州、金華等中醫藥、化學藥品原藥和生物醫藥研發生產基地，加快以上海臨港新城、鹽城、寧波、舟山等為重點的海洋生物產業發展。